José Manuel Matilla es jefe del Departamento de Dibujos y Estampas del Museo Nacional del Prado, donde realizó el programa integral de adquisición, estudio, publicación y exposición de las series gráficas de Francisco de Goya, fruto de lo cual son las exposiciones dedicadas a los Disparates (1999), Caprichos (1999-2000), Desastres de la Guerra (2001) y Tauromaquia (2002-2003). Ha sido comisario, entre otras, de las exposiciones Alonso Cano. Dibujos (2001), Imágenes del Quijote. Modelos de representación en las ediciones de los siglos XVII a XIX (2003), El Grafoscopio. Un siglo de miradas al Museo del Prado (1819-1920) y De Miguel Ángel a Annibale Carracci. Un siglo de dibujos italianos en el Museo del Prado (ambas en 2004) y Durero. Obras maestras de la Albertina (2005).